Die Klosterkirche hat einen kreuzförmigen Grundriss, Kreuzarme und Kreuzhaupt sind gleich bemessen, als zentrales Grundriss der Raumkompartiment ist die grosse quadratische Vierung Trägerin der Kuppel. Der Langhaussaal wird durch eingestellte Wandpfeiler in ursprünglich 4 1/2 Joche (nach Verlängerung 5 Joche) unterteilt.

Klosterkirche von 1695/97, Zustand vor 1964.

Äusseres: Die bauliche Ausgestaltung ist schlicht, bauplastische Einfassungen fehlen weitgehend, es dominieren die Flächen der Mauern und Dächer, ursprünglich kontrastierten dabei die weissen Fronten lebhaft mit den rotgestrichenen Dächern. Ungeachtet der Schlichtheit der Ausgestaltung zeigt die Bauformation eine reiche Gliederung, deren Hauptakzent sich auf den Chorbereich konzentriert. Sichtbar wird der quadratförmige Unterbau der Kuppel, der auf drei Seiten von den gegiebelten Annexen gestützt wird. Ihm entsteigt ein achteckiger Tambour, der von einer elegant geschweiften Kuppelhaube überdeckt wird, auf ihr eine Laterne wiederum mit Haube, deren hochgezogener Stiel ein Kreuz bekrönt. Dieser Kuppel antworten an der Westseite zwei zierliche Achteck-Glockentürmchen, mit vergoldeten durchbrochenen Medaillons besteckt, die der Kirche im Verein mit der Kuppel auch eine orientalische Note verleihen, welche im Hinblick auf die stets gewahrte Verbundenheit mit Jerusalem durchaus bewusst angetönt worden sein dürfte. Aus dem Mitwirken dieser aufragenden, differenzierten Bauelemente ergibt sich ein überaus malerisches Erscheinungsbild, das sich je nach Standort des Beschauers in reizvoller Weise verändert. Ungewöhnlich ist beim gewählten Klosterschema, dass die Haupteingangsfront gegen den Klosterinnenhof (nicht zu besichtigen) als Schauseite, als bescheidene Doppelturmfassade en miniature ausgebildet wurde. Beachtung verdienen auch die beiden schräg geführten Verbindungsbauten mit Gängen zum Kloster: Auf der Ostseite ist eine grundrissliche Schrägführung zugleich auch in einen schräg ansteigenden Kubus umgesetzt, auf der Westseite steigt er höher, gerade beschlossen wirkt er vorab als hohe Abschlussmauer. Der Besucher betritt die Kirche von der westlichen Längsseite. Dieser ist ein kleiner Friedhof vorgelagert, in dessen Seitenmauer in Zweitverwendung ein spitzbogiges Portal des frühen 16. Jh., wohl das einstige Hauptportal des Lazariterkirchleins, eingefügt ist.
An der Kirchenaussenseite, unmittelbar vor dem Eingang, ein 1662 datiertes Weihwasserbecken aus dem Vorgängerbau sowie eine Bronzeplakette mit Namensinschrift und Wappen des Klosterkirchenstifters Kaspar Barmettler, sie stammt von seiner einst im Chor gelegenen Grabplatte.

Klosterche. Inneres gegen den Chor.

Inneres: Das Innere der Kirche kennzeichnen zwei Hauptmerkmale: erstens ein Schiff mit eingestellten Wandpfeilern, das mit der Nonnenempore im rückwärtigen Bereich und den an den Längswänden durch die Pfeiler führenden Laufgängen doppelgeschossig ist und hierin dem sogenannten Vorarlberger Wandpfeilerschema entspricht und zweitens eine Chorpartie mit einem von einer Kuppel überhöhten Vierungsbereich, eine aus Italien sich herleitenden Form. Diese beiden Komponenten sind in Seedorf erstmals im deutschsprachigen Gebiet miteinander verbunden worden. In bemerkenswerter Weise werden die Lichtverhältnisse gestaltet: das Kirchenschiff und sein Tonnengewölbe erhalten kein direktes Licht, dieses bleibt weitgehend in den von den Wandpfeilern gebildeten Nischen befangen, im Chorbereich sind die beiden Seitenarme im unteren Teil als Sakristeieinbauten geschlossen, so dass hier der Lichteinfall noch vermehrt zurückhält und die Lichtquelle der Kuppel in einzigartiger Weise als Hauptakzent hervortritt. Im Aufbau des Schiffs fallen die kurzen, aber breit bemessenen Wandpfeiler auf sowie das grössenmässige Dominieren der im klassischen Kanon gehaltenen unteren Arkaden. Da Basen, Kapitelle, Gebälk und Baluster dieser Einbauzone wenig Eigenplastizität entwickeln, ergibt sich ein planer Gesamteindruck von zurückhaltender Strenge, dessen Klassizität von den kannelierten Pilastern noch unterstrichen wird.
Im Deckenbereich ist zu beachten, dass die Quertönnchen der Seitennischen nicht direkt in die Haupttonne einmünden, sondern tiefer liegen. Die Konzeption nähert sich hierin einer Staffelhalle.
Die besondere Eigenart des Chors mit seinen gleichbemessenen Kreuzarmen besteht darin, dass die Seitenarme im untern Bereich durch den Einbau von Sakristeien räumlich nicht wirksam werden, ihre Oratorien liegen in dem den Nonnen vorbehaltenen oberen Geschoss. Solche Unterteilungen sind auch aus vorangehenden süddeutschen Beispielen wie auch aus Disentis bekannt, allerdings liegen diese dort jeweils am Altarhaus und nicht im vierungsartigen Bereich. Reich ist die Ausstattung mit bauplastischem Dekor, mit Stukkaturen und mit Deckenmalereien.
Die Deckenmalereien der drei Chorarme zeigen die Apotheosen der Hauptpatrone: im Altarhaus Lazarus als Bischof (von Marseille), begleitet von Engeln mit seinen Attributen Bischofsstab und Lazariterkreuz, über dem östlichen Oratorium (links) Magdalena, Engel tragen ihr Kreuz, Salbgefäss, Bussgürtel und Geissel, über dem westlichen Oratorium (rechts) Martha, Engel halten ihre Attribute Weihwasserwedel und Kessel.
In Seitenfeldern, zudem an Triumph und Altarhausbogen Bildflächen mit Engeln.

Die Kuppel der Klosterkirche

In den Zwickeln der Kuppelpfeiler sind die beiden Gründungslegenden dargestellt:

Im zweiten Spiegel, in der Mitte, der Mohrenkönig Kaspar mit prächtigem Goldgefäss (eine Reverenz an den Kirchenstifter Kaspar Barmettler), begleitet von Laurentius mit Rost, Stefan mit Steinen, Georg und Mauritius mit Fahnen, sowie zwei nicht ganz sicher identifizierbaren Heiligen, vielleicht die Katakombenheilige des Klosters Seedorf Constantia und der Katakombenheilige von Bürglen Maximus. Der dritte Spiegel enthält die Kirchenuhr, gestaltet als Weltkugel, die bewacht wird von Constantia und Maximus und den unschuldigen Kindlein.

Blick zum Zwickel mit dem Traum des Ritters Arnold von Brienz

Im hintersten Feld schliesslich Ursula mit Fahne (Namenspatronin der damaligen Äbtissin), rechts Katharina, Agatha, Margaretha und Verena (mit Datum 1697 auf ihrem Krug), links Barbara, Caecilia und weitere Heilige.
Die Fresken haben durch seinerzeitige Übermalungen gelitten.
Der Name des Malers hat sich nicht überliefert. Ihre farblichen Hauptakzente, Ockertöne und Vitriolgrün stehen in erlesenem Kontrast zu den weiss gehaltenen Stukkaturen. Diese bilden eine besondere Kostbarkeit des Kircheninnern.

Im Schiff sind variierende korinthische Kapitelle zu beobachten, die durch Engelsköpfe, Sonnenblumen oder Rosen bereichert sind, sodann verschiedenartigste vegetabile Bänder, welche die Gurten und Stichbogen markieren.
Gegen den Chor werden diese Gehänge üppiger, verdichten sich zu Fruchtkränzen, den Triumphbogen durchwalten rhythmisch kraftvolle Akanthusranken, im Zenit halten zwei Engel die Inschriftkartusche.
Die prachtvollsten und kühnsten Ausgestaltungen finden sich in Kuppel und Kreuzarmen.
Über den sorgsam gestalteten Sakristeitüren mit Datum 1695 wiederum ein Puttenpaar. Die höheren Zonen des Vierungsbereichs schmücken virtuos gestaltete Pfingstrosen und blumenbekränzte Frauenköpfe, an den Vierungsbogen Bildfeldrahmen aus vielblättrigen Rosen.
Besonders meisterhafte Figurationen finden sich im Altarhaus: die Medaillons der Nebenpatrone Petrus und Paulus werden von je zwei Engeln in grandios ausgreifenden Posen gehalten, sie gehören zu den entwickeltsten und kühnsten Stuckfigurationen der damaligen Zeit, an ihnen wie an anderen Teilen des Stucks wurde bereits die künstliche Eisenarmierung angewandt.
Von ganz besonderer Schönheit sind die hochgelegenen Stuckgehänge des Kuppelbereichs: auserlesene Blüten- und Fruchtgehänge, mit einer Fülle verschiedenartigster Blumen und Baumfrüchte zu prachtvollen künstlerischen Gebinden zusammengestellt.
Der eine hohe Qualität besitzende Stuck wurde gleichfalls 1697 angebracht. Er zeigt die Merkmale von oberitalienischem Stuck, mit grosser Wahrscheinlichkeit schufen ihn Tessiner Meister.

Künstlerische Ausstattung

Der Hochaltar stammt im wesentlichen von 1855, einige wenige Elemente des alten Altars wurden übernommen, kleinere Abänderungen erfolgten bei der Restaurierung von 1964, damals wurde auch der spätbarocke Tabernakel (aus dem Kapuzinerkloster Altdorf) beigefügt. Als Hauptschmuck enthält der Altar das alte Gemälde der Vorgängerkirche.
Jakob Arnold, ein Bruder der ersten Urner Äbtissin, Hauptmann der päpstlichen Garde in Bologna, gab bei DIONYS CALVAERT, 1598, das Bild für den Choraltar in Auftrag, womit ein Meisterwerk der Bologneser Malerei importiert wurde.
Es verbildlichte mit der Auferweckung des Lazarus die drei Hauptpatrone Lazarus und seine Schwestern Martha und Maria.
Christus tritt dem Toten nicht als mächtige Gottheit entgegen, er zieht ihn gleichsam in freundschaftlicher Zwiesprache wieder ins Leben zurück. Kontrastvoll das Gegeneinander der Farben, die Morgenröte – stahlblau und rosa – von Christus, das schwärzliche Karnat und die Leichenfarbe der Tücher bei Lazarus. Durch den ganz leise sich anzeigenden Wandel im Antlitz des Lazarus scheint sich das Wunder unmittelbar zu vollziehen. Das Hauptmotiv des Anblickens wird in den Nebenfiguren, etwa die neben Christus knienden Maria und Martha und den hinter Lazarus stehenden Petrus  mehrfach variiert. In der Bildmitte eine kompositorisch wichtige Gruppe von Juden – einer mit Tuch – das häufig verbildlichte Geruchsmotiv. Die Figuren sind in hochdifferenzierten Stellungen gezeigt.
Hervorragend erscheint die Abwandlung der Farbmotive, der verschiedenen Stufen von Weiss, Blau und Rosa, der raffinierteste Gelbtöne beigegeben sind.
An den seitlichen Eckpfeilern stehen statuenhaft die Gründer des Benediktinerordens Benedikt und Scholastika.
Am linken Bildrand kniet der Stifter Jakob Arnold in Prunkharnisch mit Ehrenkette, im grösseren der beiden feingestalteten Landschaftsdurchblicke hängt das Stifterwappen Arnold/Zum Brunnen.
Das Bild stellt ein Hauptwerk der Bologneser Malerei um 1600 dar und eine der bedeutendsten Gestaltungen dieses Themas vor Rembrandt.

Während der Fastenzeit wird dieses Gemälde durch ein sog. Hungertuch, Christus am Ölberg, Grisaillemalerei um 1780, überdeckt.
Die beiden Seitenaltäre wurden 1858 verkauft (heute Klosterkapelle in der Au bei Steinen), ihre zugehörigen Ankleidefiguren, Maria und Constantia heute im Historischen Museum Altdorf und in Privatbesitz.
Original erhalten die beiden Altäre auf der Galerie von 1733/34, strenge Retabel mit gestaffelten korinthischen Säulenpaaren, Aufsätze und Seitenbärte in virtuoser durchbrochener Rankenschnitzarbeit.
In den Figurennischen ostseits eine Kopie der Einsiedlermaria, westseits die sehr qualitätvolle Figur des St. Joseph (um 1775).

Als weitere Ausstattungsstücke enthält das Kircheninnere mehrere Plastiken in Zweitverwendung: im Chor Bischof Lazarus (um 1660) und Maria Magdalena (1670/80), im Schiff über den seitlichen Eingangstüren Benedikt und Scholastika (beide um 1660/65).
Vorn im Kirchenschiff steht zumeist eine lebensgrosse Maria mit Kind (um 1600), während der Weihnachtszeit befindet sich hier eine vielfigurige Krippe (aus Kollegium Karl Borromäus, Altdorf), 1917 vom Münchner Künstler SEBASTIAN OSTERRIEDER geschaffen.
Im Schiff ist an den Stirnseiten der Wandnischen zudem ein Gemäldezyklus von 1733 angebracht.

Auf der rechten Seite:
1. Christus zeigt der knienden Margaretha Alacoque über einem Altar sein brennendes Herz.
2. Antonius von Padua.
3. Thomas von Aquin, dat. 1733.

Auf der linken Seite:
1. Niklaus von Flüe mit mystischem Rad.
2. Johann von Nepomuk mit Engel vor Brücke.
3. Abt Magnus mit Drache, dat. 1733.

In den beiden hintersten Nischen
a) ein Votivgemälde, Anna Genoveva Eberlin dankt für wunderbare Heilung, vor Sarkophag mit den Lazaritergebeinen kniend, darüber Herz Jesu und die Kirchenpatrone Lazarus, Maria Magdalena, Martha und Constantia, um 1710,
b) Epitaph der Äbtissin Maria Anna Eberlin, Baumeisterin der Kirche, mit dem Kloster, 1727.

In dem durch die Erweiterung von 1964 geschaffenen Annex Sarkophag mit den Lazaritergebeinen, darüber eine Kreuzigungsgruppe mit Maria und Johannes, um 1650, Christusfigur etwas später.
An Wand gegen Kirche Gedenktafel aller Äbtissinnen und Klosterfrauen mit Benedikt und Scholastika dat. 1773, um 1855 oben erweitert, sitzende Maria mit Kind (Deschwandenschule, wohl FRANZ BERTLE).
Hier auch Bodengrabplatten der Äbtissin Maria Anna Eberlin (gest. 1727) und von P. Nicolaus Zeiger (gest. 1853). Crivelli-Kasel Gestickt 1652/55 55 wohl von Schwester Johanna Caecilia zum Bach.

Der Kirchenschatz

Die Klosterkirche Seedorf besitzt einen bedeutenden Kirchenschatz, zu erwähnen die grosse Kreuzpartikelmonstranz, 1702 vom Urner Goldschmied JOHANN FRANZ KARL IMHOF geschaffen sowie Kelche aus dem 16., 17. und 18. Jahrhundert, eine grosse Lavaboplatte von 1650 des Augsburger Goldschmiedes ANDREAS WICKART mit Darstellung des Einzugs eines orientalischen Königs und eine Ewig-Licht-Ampel, 1643 von JAKOB UEBELACKER, einem Hauptmeister der Konstanzer Goldschmiedekunst eschaffen und gestiftet von Sebastian Peregrin Zwyer von Evibach, jenem Urner, der neben dem Basler Bürgermeister J.R. Wettstein im Dreissigjährigen Krieg für die Schweiz eine wichtige Rolle spielte.

Seedorf hat zudem auch einen bedeutenden Bestand an alten Messgewändern, besonders einzigartig jene reich mit figürlichen Stickereien versehenen, welche um die Mitte des 17. Jh. wohl zur Hauptsache von Johanna Caecilia zum Bach, vordem Äbtissin, gefertigt worden sind.

Crivelli-Kasel. Gestickt 1652/55, wohl von Schwester Johanne Caecilia zum Bach

Andachtsplastik: Hl. Luitgard, die Seitenwunde des Gekreuzigten küssend. Nach 1635.